Coğrafya ve etnik gruplar dikkate alınmadan yapay bir şekilde çizilen sınırların Sovyet döneminde 1921’den 1980’e kadar yaklaşık 90 kere değişmesi, bugün sadece Orta Asya’da 18 ciddi sınır uyuşmazlığının temel nedenini teşkil etmektedir. Bunların en önemlileri ise Özbekistan-Türkmenistan, Kazakistan-Rusya Federasyonu, Özbekistan-Kırgızistan arasındadır. Çünkü yeni sınırları eski monolit devletlerin ortasından geçmektedir. Daha açık bir ifadeyle “Buhara Emirliği” Özbekistan-Türkmenistan ve Tacikistan, “Hive Hanlığı” Özbekistan-Karakalpak Cumhuriyeti-Türkmenistan ve Kazakistan, “Hokand Hanlığı” ise Özbekistan-Tacikistan-Kırgızistan ve Kazakistan arasında bölünmüştür ve asırlardan beri kendi toprakları üzerinde yaşayan Orta Asyalılar kendilerini atalarının kültürel geleneklerinin meşru mirasçısı saymaktadır. Bu durum ise bölgeye sonradan gelen veya gönderilen milletler ve topluluklar arasında anlaşmazlıklara sebebiyet vermektedir. Orta Asya’daki ihtilaflı bölgeler şu şekilde özetlenebilir:

- Karakalpak Muhtar Cumhuriyeti, Özbekistan’dan ayrılıp Kazakistan’la birleşmek istiyor.

- Türkmenistan, Kazakistan’ın Mangistauski rayonunu istiyor.

- Özbekistan, Türkmenistan’ın Daşoğuz bölgesinin bir bölümünü istiyor.

- Karakalpak Muhtar Cumhuriyeti, Özbekistan’ın Buhara bölgesinin kuzeybatı kısmını istiyor.

- Özbekistan’ın Harezm Bölgesi, Karakalpak Muhtar Cumhuriyeti’nin güneydoğu bölgesini istiyor.

- Özbekistan, Carcov bölgesinin Amu-Derya kısmını istiyor.

- Türkmenistan, Buhara bölgesinin Amu-Derya kısmını istiyor.

- Özbekistan, Kazakistan’ın Çimkent bölgesinin güney kısmını istiyor.

- Tacikistan, Özbekistan’ın Surhan-Derya rayonunu istiyor.

- Tacikistan; Özbekistan’ın Semerkant ve Buhara bölgelerinin bir kısmını, Zeravşan Nehri vadisini istiyor.

- Tacikistan, Kırgızistan’ın Oş bölgesindeki sıradağların güney bölümünü istiyor.

- Kırgızistan, Tacikistan’ın Gomo-Bedehşan muhtar bölgesinin bir kısmını istiyor.

- Özbekistan, Kırgızistan’ın Oş vilayetinin bir bölümünü istiyor.

- Kazakistan, Kırgızistan’ın Issık-Göl bölgesinin kuzey bölümlerini istiyor.

- Kırgızistan, Kazakistan’ın Alma-Ata ve Taldı Kurgan bölgelerinin güney kısımlarını istiyor.

- Kazakistan, kendisine sınır Rus topraklarının bir kısmını istiyor. Mesela Astrahan, Volgograd, Orenburg, Omsk, Kurgan, Altay toprakları ve diğerleri...

- Kazakistan’ın kuzeyinde ve buna komşu Rus topraklarında bir Alman idari biriminin kurulması düşünülüyor.

- Rusya; Kuzey Kazakistan, Kökşetav, Akmolla (Tselinograd), Kustanay, Doğu Kazakistan, Oral ve Aktöbe rayonlarının kuzey kısımlarıyla Semipalatinsk ve Pavlodar’ın Irtış kısmını istiyor.