Biyolojik çeşitliliğin korunmasında korunan alanların önemi dışında işletme ormanlarına da büyük görevler düşmektedir. Korunan alanlar dışında, değişik ormancılık faaliyetlerini gerçekleştirmek amacıyla işletilen ormanlardaki biyolojik çeşitliliği dikkate almayan uygulamalar sonucu; muhtemelen binlerce türün (mikro organizmalar dahil), habitatlarının bozulmasına bağlı olarak yok olacağı belirtilmektedir. 

Ormanlardan sadece odun üretimi amacıyla yararlanılması, biyolojik çeşitliliğin kaybolmasının en önemli sebeplerinden biri olarak gösterilmektedir. Uzun yıllardır odun üretimi amacıyla işletilen İskandinav ormanlarında 400 den fazla böcek ve 200 civarında mantar ve alg’in biyolojik çeşitliliği dikkate almayan ormancılık uygulamaları sonucu yok olduğu belirtilmektedir. 

 Günümüzde, işletme ormanlarındaki biyolojik çeşitliliğin korunması ve orman amenajman planları içinde yer almasına yönelik kimi çalışmalar yapılmaktadır. Biyolojik çeşitlilik ile ilgili ilk çalışmalar, 1970’li yılların sonunda İsveç’te başlamış ve bunu 1980’li yıllarda Finlandiya’daki çalışmalar izlemiştir. Bu kapsamda, öncelikle tehlike altındaki türlerin belirlenmesine yönelik kırmızı listelerin buluşturulmasına çalışılmıştır. 

Bugün, İsveç ve Finlandiya’da, biyolojik çeşitliliğin korunması ve ormanlardan çok amaçlı yararlanma, sürdürülebilir ormancılığın iki temel kriteri olmuştur. İşletme ormanlarında biyolojik çeşitliliği tehdit eden en önemli faktörler olarak; 

A- doğal yaşlı ormanların miktarının hızla azalması, 

B- orman içerisinde çeşitli sebeplerle hayatiyetini kaybetmiş bir kısım ağaç veya ağaç artıklarının ormanda bırakılmayarak çıkarılması,

C- gençleştirme çalışmaları uygulanan alanlardaki tüm ağaçların kesilmesi, küçük meşcere parçaları ya da habitat alanlarının bırakılmaması (anahtar habitatlar, habitat koridorları),

D- plansız yerleşme ve arazi kullanımı, aşırı kullanım ve tüketim gibi nedenlerden ötürü birçok doğal ekosistemin bölünmesi ya da parçalanması sayılabilir (Habitat parçalanması).