Diğer taraftan Orta Asya için en tehlikeli problem, sınır problemleriyle bir arada düşünüldüğünde her cumhuriyet içinde büyük oranlardaki etnik azınlıkların varlığıdır. Hiç kuşkusuz eski SSCB’deki etnik çatışmaların önemli bir sebebini zorunlu göçler oluşturmaktadır. Bu göçlerin başında Ruslaştırma politikası çerçevesinde Çarlık Rusyası döneminden itibaren Rusların göçü gelir. Eski SSCB ülkelerinin bağımsız olmalarıyla birlikte bu ülkelerde azınlık statüsüne düşen Ruslar, ekonomik sorunlar ve milliyetçi akımlar ile bugün buralarda daha da bir sıkıntıya düşmüşlerdir.

Bugün Orta Asya’daki diğer bir etnik çatışma sebebi de şüphesiz 9 milyon Rus’un kaderi ve varlığıdır. Ruslar Orta Asya’da nesiller boyu yaşamıştır. Fakat çok azı yerel dilleri konuşabilmektedir. Mesela, Kazakistan nüfusunun her ne kadar yüzde 38’i Rus ise de bunların sadece yüzde 1’i Kazakça konuşabilmektedir. Ruslar arasındaki yabancılaştırılma hissi, artan göçlere yansımaktadır. 1985’ten beri 800 bin Slav -öncelikli olarak Ruslar- Özbekistan’ı, 1989’dan bu yana da 185 bin Rus Kırgızistan’ı ve sadece 1992 yılı içinde de 90 bin Rus Tacikistan’ı terk etmişlerdir. Şu anda kalmaya karar verenlerin içinde de geleceğe yönelik korku ve endişeler kök sarmış durumdadır. Göç; henüz yiyecek, konut ve işsizlik problemi çeken ve içinde bulunduğu ekonomik darboğazı aşamayan Rusya Federasyonu tarafından hiç de istenmemektedir. Bu doğrultuda, göçmenlerin ülkeye yeniden gelmelerini önlemek için oldukça katı kurallar getirilmekte ve gelenlerin ise kırsal bölgelere yerleşmeleri istenmektedir. Bu nedenle Rus halkının büyük çoğunluğu yine Orta Asya’da yaşamaya mahkum gibidir. Bu mecburiyetten dolayı Rus azınlığın haklarını ve mallarını koruyan politik organizasyonlar bu ülkelerde oluşturulmaya başlanmıştır. Bundan dolayı olsa gerek Ruslar bu ülkelerde korkusuz, kendinden emin, kaliteli ve belli bir deneyimi olan liderleri destekleme eğilimindedirler. Yalnız bu tutumları gelecekte zıtlaşma hareketleri oluştuğunda bir anti-Rus karaktere ve harekete sebebiyet verebilir gözükmektedir. Yine Ruslar, ekonomik problemlerin tırmanmasıyla beraber kredi kaybeden statükoculuğun savunucuları olarak algılanabilirler ve yerel liderler politik katılımcılığın alanını ve şeklini sınırlamanın yollarına bakabilirler. Bilim, teknoloji ve hizmet sektörlerinde oldukça önemli bir yere sahip olan ve ihtiyacı duyulan Rusları şu geçiş sürecinde kaybetmek istemeyen Orta Asyalı liderler; Rusların korkularını, endişelerini her ne kadar gidermeye çalışsalar da bölgedeki ekonomik krizler, yerel milliyetçilik ve İslam’ın dönüşü Ruslar ve Orta Asyalılar arasında ileride ciddi bir gerilim yaratacağa benzemektedir.

Her şeye rağmen Orta Asya milliyetçiliği yükselmekte, eğitim ve yönetimde yerel diller kullanımı istenmekte ve İslam artık günlük yaşamda açıkça ortaya çıkmaktadır. Orta Asya’da milliyetçilik sorunu, Sovyetler Birliği’nin diğer bölgelerinden çok daha fazla oynak bir konudur. Stalin, Sovyet Orta Asyası’nın haritasını çizerken doğal bölgeleri göz önünde bulundurmaktan çok bölgesel bir birlik oluşmasını engelleme gibi siyasi kaygıları göz önünde bulundurmuştu. Stalin’in ya da Bolşeviklerin suni ve bazı yerlerde pervasızca haksız sınırlar ortaya koydukları bir gerçektir. Burada Afrika’yla bir paralellik kurmak hiç de yersiz olmaz çünkü bağımsızlık sonrası Afrika ülkeleri de bu tür sınır ve etnik problemlerle karşılaşmışlardı. Ama onlar oyuna gelmediler ve beklenenin tam tersine aralarındaki sınır ihtilaflarını ve etnik problemleri gündeme getirmeyerek aralarındaki kanlı ve bitmeyecek savaşların önünü aldılar. En azından hazır ki sınırların bütün Orta Asyalı liderlerce oldubittiye getirilmiş olarak kabul edilmesi de büyük bir aşamadır. Fakat şimdilik bu problemlerin dondurulduğu ve içerisinde bulundukları sıkıntılar geçtikten sonra tekrar gündeme getirileceği iddiaları da her zaman için göz önünde bulundurulmalıdır.