Babası tahttan feragat ettiğinde, babasının Mustafa'yı tahta çıkarma talimatı reddedildi ve Süleyman II tahta çıktı. 1687'den itibaren Topkapı Sarayı'nda hapsedildi. Süleyman'ın ölümünden sonra Sultan İkinci Ahmed iktidara geldi. Bu sultanın ölümü ile Mustafa kendini sultan ilan etti. Tahta geçer geçmez, uzun süredir toplantı yapmayan Divan-u-Hümayun'a haftada dört gün çalışmasını emretti. Ardından eğlenceyi yasakladı ve devletin zevk düşkünü sultanlar yüzünden bu hale geldiğini iddia ederek sefer hazırlıklarına başladı.

Sakız Adası'nı Venedik'ten geri aldı ve bu fetih Edirne'de büyük bir coşkuyla kutlandı. 1695 yılında, saltanatının beşinci ayında, 2. Mustafa Lugos ovasında Almanlara karşı bir orduyu bizzat yönetti. Savaştan önce Türk hükümdarı Sabah Makamında Mehetah takımını oynatmaya başladı. Tüm Lugoş ovası Mehter müziğiyle inledi. Alman komutan Vetarini mehter müziği karşısında dehşete kapıldı ve etrafındakilere şöyle dedi: Duydunuz mu, yıllardır savaştayım ve hiç bu kadar korkunç bir müzik duymamıştım" dedi. Yine muzaffer oldu ve bu zafer ona Gazi lakabını kazandırdı. 1696'da Azak kalesi elimizden düştü ve aynı yıl Ulaş zaferi geldi.

Ancak daha sonra Türkler Sente'de yenilgiye uğratıldı ve birkaç kale elimizden alındı... Bu yenilginin sonucunda Karlofça Antlaşması imzalandı. Bu ağır antlaşma sultanın ve ülkenin moralini bozdu ve sultan tahttan indirildi. Son durumunun yarattığı üzüntüye, yakalandığı İstiska ve mesane hastalıkları da eklenince, tahta çıkışından yaklaşık beş ay sonra, 1703 yılında İstanbul'daki sarayında fani dünyadan ebedi âleme göç etti. Sultan Mustafa, Yenikami yakınlarındaki Valide Turhan Sultan Türbesi'nde babasının ayak ucuna defnedildi.